Trước hết, mặc dù chúng ta có các chương trình, dự án, đề tài điều tra, nghiên cứu, tìm hiểu về biển nhưng hiểu biết của chúng ta về Biển Đông còn rất hạn chế. Thiếu phương tiện, thiết bị, cán bộ có chuyên môn sâu và nguồn lực tài chính hạn hẹp nên thông tin, số liệu thu được còn sơ lược, độ tin chưa cao. Đây là thách thức lớn nhất và trở ngại đầu tiên trên con đường tiến ra biển. Biển Việt Nam có tính đa dạng sinh học cao với nhiều hệ sinh thái cửa sông đặc thù, hệ sinh thái đất ngập nước, rừng ngập mặn, các rạn san hô, thảm cỏ biển dọc từ Bắc vào Nam và quanh các đảo lớn, nhỏ. Đây là những nơi có điều kiện lý tưởng để các loài sinh vật biển sinh sống và phát triển, tạo nên nguồn lợi hải sản phong phú và đa dạng. Tuy nhiên, các hệ sinh thái biển đang bị suy thoái nhanh. Diện tích rừng ngập mặn giảm quá nửa trong vòng 30 năm qua. Chỉ hơn 15 năm trở lại đây, diện tích các rạn san hô giảm đến gần 20%. Các thảm cỏ biển cũng đang bị suy thoái nghiêm trọng, nhiều nơi mất hẳn. Nguồn lợi hải sản giảm nhanh, nhiều vùng biển ven bờ bị suy kiệt. Chất lượng nước biển cũng đang có xu hướng suy giảm, nhiều vùng biển bị ô nhiễm nặng. Hàng ngày biển phải tiếp nhận một lượng nước thải lớn từ đất liền, trực tiếp hoặc theo các lưu vực sông đổ ra biển. Cùng với dầu tràn, ô nhiễm từ các hoạt động vận tải nhộn nhịp trên biển, các nguồn thải từ đất liền đang đe doạ nhiều vùng biển nước ta. Trong thời gian tới, khi đẩy mạnh khai thác dầu khí, phát triển kinh tế hàng hải, nuôi trồng thuỷ sản, phát triển du lịch biển, xây dựng hệ thống các cảng ven biển, phát triển nhiều khu kinh tế, khu công nghiệp, khu chế xuất, khu đô thị ven biển, tác động của biến đổi khí hậu, mực nước biển dâng cao sẽ gia tăng mạnh áp lực lên tài nguyên, các hệ sinh thái và môi trường biển và ven biển. Cạn kiệt tài nguyên, suy thoái các hệ sinh thái, ô nhiễm môi trường biển là những vấn đề lớn cần quan tâm giải quyết trong quá trình tiến ra biển và lớn mạnh từ biển.

Để phát triển kinh tế biển bền vững, trên cơ sở các định hướng chung của Chiến lược biển Việt Nam đến năm 2020, cần có một chiến lược toàn diện về tài nguyên và môi trường biển. Chiến lược sẽ xác định rõ mục tiêu, nhiệm vụ và các giải pháp sử dụng bền vững tài nguyên và bảo vệ môi trường đồng hành với quá trình đẩy nhanh các hoạt động kinh tế biển, gắn với bảo vệ an ninh, chủ quyền và quyền chủ quyền biển, đảo của nước ta.

Có thể nói “thế trận tiến ra đại dương” đã hình thành các mũi xung kích, nhưng điều còn trăn trở là các kế sách ấy cần một “tổng chỉ huy” tài năng và sự phối hợp nhịp nhàng của rất nhiều đầu mối khác nhau. Bởi lẽ, kinh tế biển đến nay mới chỉ có một số quy hoạch của từng ngành liên quan. Các tỉnh ven biển có quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội, nhưng các ngành, lĩnh vực liên quan đến biển chưa được thiết kế cụ thể, còn thiếu tính hệ thống ở tầm quốc gia.

Tiến ra biển không thể chỉ là khát vọng mà khả năng. Khai thác tiềm năng tài nguyên từ đồng bằng đã rất khó khăn và cần nhiều tiền của, trí tuệ, sức lực - khai thác tài nguyên từ biển còn cần nhiều hơn thế. Đầu tư cho con tàu lớn, hiện đại chạy trên đại dương sẽ luôn giành được những nguồn lợi lớn gấp nhiều lần đoàn thuyền đánh cá ven bờ. Hệ thống đô thị biển trong nền kinh tế biển, là những con tàu như vậy. Và tất nhiên, nền kinh tế biển mạnh càng đảm bảo chắc chắn cho công cuộc giữ vững chủ quyền, an ninh quốc phòng trên biển.